l'accueil du public en visite sur l'île est assuré dans la Capitainerie donnant sur la rade du port de Port-Cros.
Les aménagements en place étaient désuets et sans qualités ils ont fait place à de nouveaux, sobres mais nobles dans leurs matériaux et dans leurs lignes. La mathériauthèque est inspirée du milieu naturel et des éléments: le bois, l'acier rouillé, la terre cuite. Le bâtiment subit quelques modifications pour intégrer aux aménagements le paysage de la colline et la mer toute proche. l'accueil n’est plus un grotte sombre coupée du contexte mais un lieu chaleureux ouvert sur sa raison d'être : le site.